Wie schon im vorigen Jahrhundert ist Graubünden Kriegsschauplatz fremder Heere; Chur wird wiederholt von österreichischen bzw. französischen Truppen besetzt.
Am Morgen des 7. März 1799 besetzte der französische Oberkommandierende in der Schweiz, General André Masséna, die Festung am Luziensteig. Am gleichen Tage drang er durch das Churer Rheintal vor, erreichte Chur, wo der Kommandant der Österreicher, General Auffenberg, in seine Gefangenschaft geriet. Viele Churer Soldaten wurden in Gefangenschaft genommen. Die Gefangenen wurden in die Festung Aarburg überführt und dort festgehalten.[75] Unter ihnen waren auch Johann Jakob von Köhl (1763-†1826), Zunftmeister, 36 Jahre alt. Auch Stadtwachmeister Christian Köhl, wurde vernommen und beschuldigt gegen die Franzosen konspiriert zu haben. Der Berufssoldat Bernhard Köhl, eben aus Frankreich zurückgekehrt, hatte sich den Churern angeschlossen und wurde wie seine Brüder verhaftet. Die Beteiligung von Glaser Christian Köhl an der Maskerade von Chur 1799 dürfte den Franzosen missfallen haben.
1799 wird dann der Freistaat Gemeiner Drei Bünde als Kanton "Rätien" Helvetien angeschlossen.
Die Mediationsverfassung Napoleons für die Schweiz (1803) regelt auch die Verhältnisse in Graubünden. Die Mediationsverfassung übertrug die Vollziehung aller vom Grossen Rat ausgehenden Akten (Beschlüsse) dem Kleinen Rath. Damit verfügte der Kanton Graubünden erstmals über eine ständige Regierung. Drei Bundesweibel bedienten die Behörde und begleiteten die Standesdeputierten zur Eidgenössischen Tagsatzung. Chur wird Hauptort des Bezirks Plessur. Die erste Kantonsverfassung datiert vom Jahre 1814.[76] Chur kann sich gegen anfängliche Konkurrenz von Ilanz und Davos erst 1820 als Hauptstadt des neu geschaffenen Kantons Graubünden durchsetzen.
Briefkopf eines Schreibens des französischen Generals Jardon, 2. Thermidor, 8. Jahr (20. Juli 1800) (Webseite Stadt Chur)
Quellen:
75: Der Krieg gegen die Franzosen im Bündner Oberland 1799, Augustin Cahannes, 1962
76: Die Hungersnot von 1816/17 in Graubünden, Peter Brosi, 2006